В стране чудес

Макото Юки поступает в частную академию Гэккокан и селится в студенческом общежитии. Во время нападения существа под названием Тень у него пробуждается способность призывать Персону — сверхъестественную сущность. Члены секретного клуба SEES, специализирующегося на борьбе с Тенями, предлагают Макото присоединиться к их группе.

Макото изначально демонстрирует сдержанное отношение к предложению, но постепенно интегрируется в коллектив. Участники клуба продолжают исследовать природу Тёмного часа — временного промежутка, в котором появляются Тени. Совместные операции и тренировки способствуют формированию рабочих отношений между членами группы.

По мере развития событий перед Макото встаёт задача совмещения повседневной студенческой жизни с деятельностью в SEES. Расследование природы Тёмного часа продолжается, участники клуба ищут способы нейтрализовать эту аномалию. Макото анализирует своё место в группе и значение устанавливающихся связей с другими членами организации.