Юкитэру Амано — старшеклассник, испытывающий трудности в общении со сверстниками. Для анализа социального поведения он систематически записывает наблюдения за окружающими в электронный дневник на мобильном устройстве. Стремясь компенсировать одиночество, юноша создаёт воображаемого друга по имени Деус Экс Машина, наделяя его способностями управления временем и пространством в своих фантазиях.
Воображаемый персонаж неожиданно материализуется в виде разумного существа. Деус предоставляет Юкитэру доступ к модифицированной версии дневника, которая приобретает функцию предсказания будущих событий. Используя эту способность, главный герой начинает корректировать повседневные ситуации, что постепенно меняет его социальный статус и взаимоотношения с окружающими.
В процессе использования дневника выясняется, что аналогичные устройства были распределены среди других учащихся. Между владельцами предсказывающих дневников начинается конкурентное взаимодействие, где победа в противостоянии определяет преемника Деуса. Исход этого соревнования остается открытым вопросом.
